ANR Génoplante (GPLA07042G)
REGENEOME
Bases génomique and épigénomique de la totipotence cellulaire végétale:
Etude par microdissection assisté par laser

La disponibilité de données génomiques sur des types cellulaires isolés de tissus complexes est fondemental pour notre compréhensions des mécanismes sous-jacent aux processus de régénération végétal. la régénérations est en effet définit comme la capacité pour un groupe de cellules somatique ou germinale de former un nouvel organe (racine, bourgeon, embryon). Les conditions de culture associées à la régénération ont été intensément étudiées au cours des 50 dernières années et ont constitué le fondement de la propagation in vitro et du transfert de gène. Toutefois les bases cellulaires et moléculaires de ce processus restent mal comprises du fait de l'hétérogénéité cellulaire des tissus régénérants. Nous proposons de développer et d'exploiter de nouvelles méthodes permettant l'isolement d'un nombre suffisant de cellules spécifiques pour permettre des analyses génomiques. L'objectif principal du projet Regeneome est de développer la Microdissection Assisté par Laser (LAM) pour isoler des cellules en cours de régénération et de caractériser leurs profils transcriptome et chromatinien. Deux espèces seront considérés; Arabidopsis thaliana pour l'étude des processus d'organogenèses et le coton pour l'analyse de l'embryogenèse somatique.

Le projet a 3 objectifs majeurs: (i) identifier et isoler par LAM des groupes de cellules organogènes à la fois in situ (dans le contexte du méristème apical) et au cours de la régénération in vitro; (ii) caractériser le profil transcriptome et les marques chromatiniennes associés aux étapes précoces de l'organogenèse et (iii) valider ces nouveaux outils et méthodes chez l'embryogenèse somatique du cotonier.
Une telle approche interdisciplinaire combinant le phénotypage cellulaire et les études au niveau génomique permettra non seulement d'apporter de nouvellles connaissances sur la nature de plasticité cellulaire végétale mais aussi génèrera des outils permettant à terme d'améliorer les processus de régénération d'espèces agronomiques.

Partenaires:
1. Laboratoire Biologie Cellulaire, Versailles, INRA UR501 (Jean-Denis Faure, coordinateur) et Laboratoire de Cytologie Expérimentale et Morphogenèse Végétale (EA3494) Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) (Dominique Chriqui)
2. URGV, Evry, INRA UMR1165 (Jean-Pierre Renou)
3. ENS, Laboratoire Biologie Moléculaire Photosynthétique, CNRS UMR8186 (Vincent Colot)

Date début: 01 juin 2008

Présentation du projet: Poster Génoplante Arles2008

Personnes impliquées

Partenaire1: JD Faure Y Bellec MC Chupeau Y Chupeau L Gissot B Letarnec P Laufs E Montès H Morin JC Palauqui C Pannetier V Pautot (INRA Versailles)
D Chriqui G Belleau E Carnero P Dumont E Dubuisson M DaCosta A Guivarch'h P Rech (Paris VI).
Ingénieurs Génoplante: Maïté Obellianne (culture cellulaire/marqueurs), Jonathan Hervé (dissection/in situ hybridization).

Partenaire 2: JP Renou R Berthome S Pelletier
Ingénieurs Génoplante:

Partenaire3: V Colot A Bulski S Gagnot F Roudier
Ingénieurs Génoplante:
Equipement: Zeiss PALM microbeam