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Introduction à la biologie intégrative et à la complexité du vivant

Module d'Approfondissement 2ème année de l'AgroParisTech

Master 1 Sciences et Technologie du vivant et de l'environnement de l'AgroParisTech

Mention Biologie intégrative

Enseignant responsable :

Jean-Denis Faure – tél 01 44 08 18 32– jean-denis.faure@agroparistech.fr (Département SVS)

Objectifs : La biologie intégrative a pour but d'étudier (décrire et comprendre) le fonctionnement d'un organisme vivant dans sa complexité. Un organisme, un fragment de tissu ou même une cellule sont des systèmes complexes. Ces systèmes regroupent de nombreuses fonctions physiologiques qui interagissent entre elles. Un organisme vivant ne peut être réduit ni à un ensemble aussi complet soit-il de séquences géniques, ni à un ensemble quantifié de relations avec son environnement ; c’est bien l’interaction entre ces deux ensembles qui constitue l’objet d’étude de la Biologie intégrative.
Ce module combine des séances de cours fondamentaux à la fois dans les disciplines moléculaires et cellulaires pour illustrer les nouveaux outils et concepts des technologies "OMIQUES", et dans les disciplines de Physiologie et Ecophysiologie pour illustrer les approches aux échelles de l'organisme et de la population. Des conférences illustrent certains aspects plus précis de l'intégration au travers de questions de biologie spécifiques. Une introduction à la modélisation sera proposée. Les notions introduites au travers des cours et conférences sont développées dans des séances de TD où les étudiants pourront se confronter à l'utilisation de différents outils informatiques et bases de données. Les étudiants seront amenés à traiter des jeux de données provenant des systèmes microbiens, végétaux et animaux pour les interpréter et les modéliser.

Cours, visites et TD sur le site de Versailles:

* De l'image au modèle: exemple de la dynamique subcellulaire
Acquisition, traitement et modélisation en imagerie (cours E Biot et H Timpano)

Acquisition d'images et microscopie confocale. Visite et TP plateforme de cytologie de l'IJPB (JD Faure, S Vernhettes)

TD analyse d'image et modélisation : modélisation 3D et tracking de particules (E Biot, S Vernhettes, H Timpano, JD Faure)

* Intégration transcriptome et protéome
Intégration transcriptome et protéome au cours de la germination (L Rajjou et P Grappin)

TD analyse de données transcriptome et protéome (L Rajjou et P Grappin)


 


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