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Le Pôle thématique DEG « Dynamique et Expression des Génomes » met en œuvre des approches de génétique, de cytologie, de biologie moléculaire et de biochimie des protéines pour appréhender des mécanismes essentiels au contrôle de la structure et du fonctionnement des génomes lors de la méiose (recombinaison), lors de chocs génomiques (polyploïdisation) ou suite à des stress biotiques ou abiotiques (contrôle de l'expression des éléments transposables, variations de l'état épigénétique de gènes impliqués dans la réponse au stress). Le département étudie également les mécanismes de contrôle de l’expression génique aux niveaux transcriptionnel (complexes chromatiniens, stabilité des états épigénétiques) et post-transcriptionnel (traitement des RNAs aberrants endogènes et exogènes par les voies de « RNA Quality Control »et de «RNA silencing »). Ces études sont menées sur des crucifères : arabidopsis et colza (Arabidopsis thaliana, Brassica napus), des Solanacées : tabac et tomate (Nicotiana tabacum, Solanum esculentum) et des plantes basales comme la mousse (Physcomitrella patens).


Equipes

L’équipe « Dynamique chromatinienne et régulation génétique » étudie les complexes chromatiniens faisant intervenir la protéine LHP1 et les mécanismes par lesquels ils régulent l’expression génique. L’équipe s’intéresse également à l’architecture nucléaire et aux relations structure/fonction des génomes lors des transitions entre états différencié et dédifférencié.

L’équipe « Epigénétique et petits ARNs » étudie la diversité des voies de RNA Quality Control et de RNA silencing et l’intégration de ces voies dans le traitement des RNAs aberrants endogènes ou exogènes (virus, transgènes). L’équipe s’intéresse également aux changements d’états épigénétiques chromatiniens induits par des petits RNAs, à leur stabilité et à leur rôle dans la variabilité naturelle.

L’équipe « Variabilité épigénétique » utilise la plante modèle Arabidopis thaliana pour déterminer si les phénomènes de régulation épigénétique ont un impact sur l'adaptabilité des plantes et sur l'évolution des espèces. Un effort particulier sera engagé pour déterminer si la tolérance à certains stress abiotiques est en partie conditionnée par des phénomènes épigénétiques.

L’équipe «Interactions hôtes-rétrotransposons (RETROS)» étudie l'impact des rétrotransposons de Solanacées, depuis le contrôle de leur activité, en particulier en réponse au stress ou au choc génomique d'allopolyploïdie, jusqu'à leur évolution moléculaire et leur impact évolutif et fonctionnel. L’équipe s’intéresse également à l'impact de l'activation transcriptionnelle des rétrotransposons sur l'expression des gènes cellulaires.

L’équipe « Méiose et Recombinaison » étudie les étapes clés de la méiose et de la recombinaison méiotique (initiation, voies de réparation des cassures double-brin méiotiques, contrôle du ratio crossing-over/conversions géniques, mécanismes de polyploïdisation, contrôle de la recombinaison des polyploïdes, rôle de la structure chromatinienne dans la distribution des évènements de recombinaison méiotique). L'autre volet de recherche de l'équipe est l'étude des mécanismes de la recombinaison homologue mitotique dans un but de ciblage génique.

 

 

 
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